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O Instituto tem dois órgãos de governo e um órgão executor, os quais são regidos pelas disposições pertinentes da Convenção do IICA e por seus respectivos regulamentos. Além disso, dispõe de dois mecanismos especiais, criados pela Junta Interamericana de Agricultura (JIA): a Comissão Consultiva Especial de Assuntos Gerenciais (CCEAG) e o Comitê de Exame de Auditoria (CEA).
Órgão executor
Direção Geral\Despacho do DG
Órgãos de governo
Junta Interamericana de Agricultura (JIA)
Órgão superior de governo do IICA, integrado pelos 34 Estados membros. Se reúne de forma ordinária a cada dois anos
Comitê Executivo (CE)
Órgão de governo constituído por 12 Estados membros, eleitos para exercícios de dois anos segundo critérios de rotação parcial e de equitativa distribuição geográfica. Celebra suas reuniões ordinárias anualmente.