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El Instituto tiene dos órganos de gobierno y un órgano ejecutor, que se rigen por las disposiciones pertinentes de la Convención del IICA y por sus respectivos reglamentos. Asimismo, cuenta con dos mecanismos especiales, creados por la Junta Interamericana de Agricultura (JIA): la Comisión Consultiva Especial para Asuntos Gerenciales (CCEAG) y el Comité de Revisión de Auditoría (CRA).
Órgano ejecutor
Dirección General \ Despacho del DG
Órganos de gobierno
Junta Interamericana de Agricultura (JIA)
Órgano superior de gobierno del IICA, integrado por los 34 Estados Miembros. Se reúne de forma ordinaria cada dos años
Comité Ejecutivo
Órgano de gobierno constituido por 12 Estados Miembros, elegidos para ejercicios de dos años según criterios de rotación parcial y de equitativa distribución geográfica. Celebra sus reuniones ordinarias anualmente.