O Instituto tem dois órgãos de governo e um órgão executor, os quais são regidos pelas disposições pertinentes da Convenção do IICA e por seus respectivos regulamentos. Além disso, dispõe de dois mecanismos especiais, criados pela Junta Interamericana de Agricultura (JIA): a Comissão Consultiva Especial de Assuntos Gerenciais (CCEAG) e o Comitê de Exame de Auditoria (CEA).
Órgão superior de governo do IICA, integrado pelos 34 Estados membros. Se reúne de forma ordinária a cada dois anos.
Órgão de governo constituído por 12 Estados membros, eleitos para exercícios de dois anos segundo critérios de rotação parcial e de equitativa distribuição geográfica. Celebra suas reuniões ordinárias anualmente.
